नीति आयोग को योजना आयोग के स्थान पर एक 'थिंक टैंक' और सहकारी संघवाद को बढ़ावा देने वाले निकाय के रूप में स्थापित किया गया था, लेकिन इसके प्रभाव की सीमा कई कारणों से देखी गई है।

पहला और सबसे महत्वपूर्ण कारण इसकी वित्तीय शक्तियों का अभाव है। योजना आयोग के पास राज्यों को धन आवंटित करने की शक्ति थी, जिससे वह नीतियों को लागू करने के लिए राज्यों पर दबाव डाल सकता था। नीति आयोग के पास ऐसी कोई वित्तीय शक्ति नहीं है, यह केवल सलाहकारी निकाय है। यह राज्यों को केवल सिफारिशें दे सकता है, जिन्हें मानना या न मानना राज्यों के विवेक पर निर्भर करता है।

दूसरा, नीति आयोग की भूमिका मुख्य रूप से सलाह देने और नीति निर्माण तक सीमित है, जबकि इसके पास नीतियों के प्रभावी कार्यान्वयन के लिए पर्याप्त अधिकार या तंत्र नहीं है। कई बार, इसकी सिफारिशें नौकरशाही की जटिलताओं और विभिन्न मंत्रालयों के बीच समन्वय की कमी के कारण जमीनी स्तर पर लागू नहीं हो पातीं।

तीसरा, सहकारी संघवाद के सिद्धांत को बढ़ावा देने के बावजूद, राज्यों के साथ इसके संबंध हमेशा सहज नहीं रहे हैं। कुछ राज्य इसे केंद्र सरकार के एक उपकरण के रूप में देखते हैं, जो उनकी स्वायत्तता में हस्तक्षेप करता है। विभिन्न राजनीतिक विचारधाराओं वाली राज्य सरकारें अक्सर केंद्र की नीतियों को अपनाने में हिचकिचाती हैं, जिससे नीति आयोग की सिफारिशों का प्रभाव कम हो जाता है।

चौथा, नीति आयोग को कभी-कभी एक 'रबर स्टैंप' या केवल केंद्र सरकार के एजेंडे को आगे बढ़ाने वाले निकाय के रूप में देखा जाता है, जिससे इसकी निष्पक्षता और विश्वसनीयता पर सवाल उठते हैं। इसके अलावा, विशेषज्ञता और डेटा विश्लेषण पर जोर देने के बावजूद, कई बार इसकी सिफारिशें जमीनी हकीकत से दूर प्रतीत होती हैं।

अंततः, नीति आयोग की प्रभावशीलता इस बात पर भी निर्भर करती है कि केंद्र और राज्य सरकारें इसकी सलाह को कितनी गंभीरता से लेती हैं और उसे लागू करने के लिए कितना सहयोग करती हैं। इन सीमाओं के कारण, नीति आयोग अपनी पूरी क्षमता का उपयोग करने में संघर्ष कर रहा है, जिससे इसके अपेक्षित प्रभाव में कमी आई है।